COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 2.987080 2.987080 2.753262
2020-09-24 17:00:00 2.751968 2.751968 2.740641
2020-09-23 17:00:00 2.572025 2.572025 2.726666
2020-09-22 17:00:00 2.820955 2.820955 2.709471
2020-09-21 17:00:00 3.384052 2.285579 2.695326
2020-09-20 17:00:00 2.899530 2.899530 2.699937
2020-09-19 17:00:00 2.695409 2.695409 2.693618

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 5.044510 5.044510 2.268642
2020-09-24 17:00:00 1.578459 1.578459 2.279349
2020-09-23 17:00:00 1.836394 1.836394 2.227184
2020-09-22 17:00:00 2.589928 2.589928 2.223336
2020-09-21 17:00:00 2.953240 1.809045 2.212752
2020-09-20 17:00:00 NaN 0.000000 2.251342
2020-09-19 17:00:00 NaN 0.000000 2.223301

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 1.529412 1.529412 1.489180
2020-09-24 17:00:00 1.206434 1.206434 1.420057
2020-09-23 17:00:00 2.998236 2.998236 1.355299
2020-09-22 17:00:00 2.426343 2.426343 1.293151
2020-09-21 17:00:00 1.219512 0.181818 1.187926
2020-09-20 17:00:00 1.834862 1.834862 1.115493
2020-09-19 17:00:00 0.473186 0.473186 1.042722

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 0.524109 0.524109 0.971248
2020-09-24 17:00:00 0.488599 0.488599 0.990820
2020-09-23 17:00:00 1.003698 1.003698 1.021234
2020-09-22 17:00:00 1.567603 1.567603 1.021089
2020-09-21 17:00:00 1.304348 0.696460 1.025382
2020-09-20 17:00:00 1.348039 1.348039 1.035034
2020-09-19 17:00:00 1.329787 1.329787 1.045003

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 3.628281 3.628281 3.778827
2020-09-24 17:00:00 3.890662 3.890662 3.679700
2020-09-23 17:00:00 5.736757 5.736757 3.645894
2020-09-22 17:00:00 21.224490 3.079961 3.617707
2020-09-21 17:00:00 4.636520 4.636520 3.499959
2020-09-20 17:00:00 2.856666 2.856666 3.440931
2020-09-19 17:00:00 2.941757 2.941757 3.340276

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 2.959728 2.959728 2.715250
2020-09-24 17:00:00 1.543499 2.401747 2.708468
2020-09-23 17:00:00 1.887850 2.361744 2.693528
2020-09-22 17:00:00 1.405622 2.886546 2.732112
2020-09-21 17:00:00 5.500237 2.814509 2.745470
2020-09-20 17:00:00 2.442132 2.442132 2.775022
2020-09-19 17:00:00 3.227372 3.227372 2.790856

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 2.936508 2.936508 2.633544
2020-09-24 17:00:00 2.432667 2.432667 2.644776
2020-09-23 17:00:00 3.580402 2.041457 2.628259
2020-09-22 17:00:00 1.739130 1.739130 2.642379
2020-09-21 17:00:00 2.882483 2.882483 2.621393
2020-09-20 17:00:00 3.455724 3.455724 2.703332
2020-09-19 17:00:00 3.008204 3.008204 2.786790

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 2.464374 2.464374 2.513155
2020-09-24 17:00:00 2.787203 2.787203 2.486309
2020-09-23 17:00:00 2.317291 2.317291 2.442818
2020-09-22 17:00:00 3.299598 3.299598 2.393787
2020-09-21 17:00:00 2.659146 2.659146 2.364169
2020-09-20 17:00:00 1.865672 1.865672 2.310357
2020-09-19 17:00:00 2.288303 2.288303 2.254446

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 5.340161 5.340161 5.798804
2020-09-24 17:00:00 6.398996 6.398996 5.676323
2020-09-23 17:00:00 5.572755 5.572755 5.579889
2020-09-22 17:00:00 7.028112 7.028112 5.525799
2020-09-21 17:00:00 9.275362 4.499121 5.433168
2020-09-20 17:00:00 7.841328 7.841328 5.375444
2020-09-19 17:00:00 5.394191 5.394191 5.415351

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 2.154468 2.154468 1.771505
2020-09-24 17:00:00 1.651164 1.651164 1.796436
2020-09-23 17:00:00 1.403911 1.403911 1.782037
2020-09-22 17:00:00 1.539633 1.539633 1.756307
2020-09-21 17:00:00 1.344287 1.642122 1.767043
2020-09-20 17:00:00 2.218017 2.218017 1.809240
2020-09-19 17:00:00 1.867650 1.867650 1.850487

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 3.720406 3.720406 3.020180
2020-09-24 17:00:00 1.910112 1.910112 3.075407
2020-09-23 17:00:00 3.860072 3.860072 3.183995
2020-09-22 17:00:00 2.623907 2.623907 3.163755
2020-09-21 17:00:00 4.047619 2.146465 3.115819
2020-09-20 17:00:00 3.365907 3.365907 3.174815
2020-09-19 17:00:00 3.418803 3.418803 3.204214

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 1.039501 1.039501 1.076712
2020-09-24 17:00:00 1.250000 1.250000 1.059360
2020-09-23 17:00:00 0.584795 0.978793 1.072890
2020-09-22 17:00:00 1.036269 1.036269 1.047885
2020-09-21 17:00:00 12.601626 1.422764 1.068382
2020-09-20 17:00:00 0.341297 0.341297 1.061091
2020-09-19 17:00:00 1.538462 1.538462 1.068261

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 4.805915 2.125693 3.024740
2020-09-24 17:00:00 2.717391 2.717391 2.923565
2020-09-23 17:00:00 5.580694 5.580694 2.853972
2020-09-22 17:00:00 1.856148 1.856148 2.876440
2020-09-21 17:00:00 3.546099 3.546099 2.818652
2020-09-20 17:00:00 2.906977 2.906977 2.894618
2020-09-19 17:00:00 1.995395 3.651685 2.904889

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 2.628571 2.628571 3.542711
2020-09-24 17:00:00 5.463183 5.463183 3.517518
2020-09-23 17:00:00 2.941176 2.941176 3.546189
2020-09-22 17:00:00 4.273504 4.273504 3.611095
2020-09-21 17:00:00 2.898551 3.846154 3.715595
2020-09-20 17:00:00 7.692308 3.760684 3.691285
2020-09-19 17:00:00 2.945114 2.945114 3.698478

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 4.127967 4.127967 3.546714
2020-09-24 17:00:00 2.931229 2.931229 3.535544
2020-09-23 17:00:00 3.576807 3.576807 3.617566
2020-09-22 17:00:00 9.061489 3.449692 3.632171
2020-09-21 17:00:00 2.147702 2.147702 3.658150
2020-09-20 17:00:00 2.391410 4.024641 3.648326
2020-09-19 17:00:00 3.907075 3.907075 3.713732

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 3.589948 3.589948 3.156930
2020-09-24 17:00:00 2.796935 2.796935 3.104276
2020-09-23 17:00:00 3.112977 3.112977 3.166734
2020-09-22 17:00:00 2.499068 2.499068 3.173846
2020-09-21 17:00:00 5.270007 3.206651 3.166986
2020-09-20 17:00:00 3.144654 3.230953 3.220568
2020-09-19 17:00:00 4.243615 4.243615 3.228746

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 3.481979 3.481979 3.738933
2020-09-24 17:00:00 3.391572 3.391572 3.742468
2020-09-23 17:00:00 2.598091 2.598091 3.674102
2020-09-22 17:00:00 2.875746 2.875746 3.634936
2020-09-21 17:00:00 7.720145 7.720145 3.668602
2020-09-20 17:00:00 6.666667 6.666667 3.656648
2020-09-19 17:00:00 3.172043 3.172043 3.630552

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 3.272171 3.272171 3.166475
2020-09-24 17:00:00 4.005127 4.005127 3.139947
2020-09-23 17:00:00 2.238431 2.238431 3.091590
2020-09-22 17:00:00 2.509877 2.509877 3.057521
2020-09-21 17:00:00 3.873967 3.873967 3.069427
2020-09-20 17:00:00 4.993543 4.993543 3.049865
2020-09-19 17:00:00 3.598972 3.598972 2.992632

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 2.965017 2.965017 2.520661
2020-09-24 17:00:00 3.143894 3.143894 2.486095
2020-09-23 17:00:00 1.915301 1.915301 2.435823
2020-09-22 17:00:00 2.073991 2.073991 2.379515
2020-09-21 17:00:00 2.650678 2.650678 2.294022
2020-09-20 17:00:00 2.739981 2.739981 2.237336
2020-09-19 17:00:00 2.396113 2.396113 2.225677

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 2.194656 2.194656 2.436823
2020-09-24 17:00:00 2.720450 2.720450 2.437718
2020-09-23 17:00:00 1.911469 1.911469 2.413010
2020-09-22 17:00:00 1.892285 2.669405 2.403464
2020-09-21 17:00:00 1.474926 2.269211 2.350596
2020-09-20 17:00:00 3.529412 2.487047 2.340816
2020-09-19 17:00:00 3.316062 3.316062 2.362952

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 1.612903 1.612903 2.503119
2020-09-24 17:00:00 2.083333 2.083333 2.520695
2020-09-23 17:00:00 3.278689 3.278689 2.541152
2020-09-22 17:00:00 0.909091 0.909091 2.633560
2020-09-21 17:00:00 2.857143 2.857143 2.835749
2020-09-20 17:00:00 3.000000 3.000000 2.866640
2020-09-19 17:00:00 0.000000 0.000000 2.910235

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-25 17:00:00 4.013104 4.013104 3.658838
2020-09-24 17:00:00 4.789494 3.341058 3.606551
2020-09-23 17:00:00 3.231366 3.231366 3.607032
2020-09-22 17:00:00 3.140670 3.140670 3.596106
2020-09-21 17:00:00 5.181087 5.181087 3.482977
2020-09-20 17:00:00 4.336927 4.336927 3.467500
2020-09-19 17:00:00 3.213545 3.213545 3.416246

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.044510 5.044510 2.268642
Basilicata 1.529412 1.529412 1.489180
Calabria 0.524109 0.524109 0.971248
Campania 3.628281 3.628281 3.778827
Emilia-Romagna 2.959728 2.959728 2.715250
Friuli Venezia Giulia 2.936508 2.936508 2.633544
Lazio 2.464374 2.464374 2.513155
Liguria 5.340161 5.340161 5.798804
Lombardia 2.154468 2.154468 1.771505
Marche 3.720406 3.720406 3.020180
Molise 1.039501 1.039501 1.076712
P.A. Bolzano 4.805915 2.125693 3.024740
P.A. Trento 2.628571 2.628571 3.542711
Piemonte 4.127967 4.127967 3.546714
Puglia 3.589948 3.589948 3.156930
Sardegna 3.481979 3.481979 3.738933
Sicilia 3.272171 3.272171 3.166475
Toscana 2.965017 2.965017 2.520661
Umbria 2.194656 2.194656 2.436823
Valle d'Aosta 1.612903 1.612903 2.503119
Veneto 4.013104 4.013104 3.658838
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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